Az élőlények DNS-alapú meghatározása nem mindig egyszerű. A begyűjtött DNS kódját összehasonlítjuk egy adatbázisban tárolt kódokkal. Előfordulhat, főleg a mikróbák esetében, hogy a könyvtár még nem tartalmaz egy-egy bizonyos fajt, így azt nem tudjuk azonosítani. Az is fontos, hogy elég mennyiségű és minőségű DNS álljon rendelkezésre. Ha kevés vagy sérült a DNS, akkor nem lehet az élőlényt faj szinten meghatározni, csak valamilyen magasabb szinten. Például, a TSAR csoportba sok különböző egysejtű tartozik. Sok esetben meg tudtuk állapítani, hogy a DNS egy páncélos ostoroshoz tartozott vagy kovamoszathoz, de megesett, hogy csak a TSAR csoportba tudtuk besorolni. A zöldalgák esetében is volt olyan, amikor úgynevezett nemzettség szintig azonosítani lehetett a DNS-t, így a mikroszkóp alatt készült képet tudtunk hozzárendelni. Más esetekben csak az tudtuk megmondani, hogy valamilyen zöldalgáról van szó.